Trafiken med handelsfartyg var före 1800-talet starkt reglerad och Kalmar var länge den enda hamn som fick anlöpas. Borgholm blev stad 1816 och fick då rätt till handel och sjöfart. Kalksten utskeppades på den östra sidan i Böda, Källa och Kårehamn. Den främsta utskeppningshamnen var under 1800-talet Källa hamn. På södra Öland var Degerhamn och Mörbylånga viktiga orter för sjöfarten. I Grönhögen bröts kalksten som skeppades ut härifrån redan under 1700-talet.
För den öländska bondeseglationen fanns därutöver små hamnar utmed södra Kalmarsund vid Risinge, Smedby och Gåssten. Hamnarna fungerade framförallt som vedhamnar. Ölänningarna fraktade korn över sundet och fick ved i utbyte.
Det var först i mitten av 1800-talet som hamnar i modern betydelse med kajer och pirar började anläggas på Öland. Före dess utgjordes de viktigaste lägena av bryggor i naturliga vikar, som underhölls av lokala bönder eller av en särskild färjekar.
Ett organiserat yrkesfiske fick betydelse på Öland först i samband med fiskeflottans motorisering under 1900-talet. Dessförinnan handlade det främst om husbehovsfiske. Flera av de gamla fiskelägena har därefter utvecklats till mer utpräglade fiskehamnar. På 1910-talet försökte statsmakterna minska den stora emigrationen från ön genom att bl a underlätta för fiskenäringen. Ett resultat blev att hamnen i Gräsgård förbättrades och utvidgades. Den största fiskehamnen idag är Kårehamn. Fisk i större omfattning tas även emot i Byxelkrok, Böda, Bläsinge, Gräsgård och Grönhögen.
En organiserad färjetrafik mellan Öland och fastlandet har funnits sedan medeltiden. Redan under tidig medeltid fanns ett viktigt färjeläge vid byn Björnhovda strategiskt mitt emot Kalmar. 1389 omtalas det som Faeriostadtha och lägets stora betydelse markeras av den skans som byggdes här till skydd för överfarten. Tidiga platser för överfart till Kalmar har även funnits från många andra lägen utmed den sydvästra kusten, som t ex Möllstorp och Röhälla. Vid början av 1700-talet fanns roddarfärjor på det smalaste stället över sundet mellan Stora Rör och Revsudden. Färjeläget i Fröbygårda nära Vickleby blev föregångare till Beijershamn. Stora Rör fick 1807 postgången över sundet och hamnen moderniseraders kring 1900. Senare tog järnvägen över i betydelse som transportmedel.
För Borgholm innebar uppsvinget för ångsbåtstrafiken att det medeltida fiskeläget Borgehamn i mitten av 1800-talet blev en exklusiv turist- och kurort. I hamnen anlöpte ångbåtar från Kalmar och med tiden även reguljärt från Stockholm sommartid.
Den första specialbyggda färjan för transport av bilar mellan Kalmar och Färjestaden togs i bruk 1935. Färjetrafiken med bilar skedde också mellan Stora Rör och Revsudden innan bron kom 1972. Hamnmiljöerna i Stora Rör och Färjestaden miste därmed sin funktion, men kan ännu anas i form av ramper och uppställningsplatser.
Källa: Länsstyrelsen i Kalmar län